В статье предложен алгоритм внедрения гибкой методологии разработки Agile в процесс производства и применения инноваций. Также проведен анализ текущей применимости гибких методологий управления в деятельности российских компаний. Предложена универсальная система внедрения Agile в производство и реализации инновационных проектов, позволяющая компании перейти к модели «гибкой организации». Внедрение гибкой методологии разработки инновационных проектов позволит производственным компаниям увеличить скорость и качество разработки предлагаемых продуктов. Предложена модель перехода организации на принципы гибкого управления. Модель разработана в соответствии со стандартом IDEF0 и является универсальной.