В статье рассматриваются вопросы организационного обеспечения при создании научного отраслевого комплекса ОАО «РЖД». Представлены результаты SWOT- анализа текущего состояния научного отраслевого комплекса холдинга «РЖД». Разработана организационная модель инновационной инфраструктуры ОАО «РЖД». Проведен сравнительный анализ сценариев развития НОК «РЖД». Выявлены проблемы дублирования и избыточности функций научного отраслевого комплекса холдинга «РЖД». Сформированы целевые характеристики и особенности научного отраслевого комплекса холдинга «РЖД». Предложены версии целевой схемы управления научным отраслевым комплексом холдинга «РЖД». Обоснованы элементы процессной модели технического сопровождения производственной деятельности холдинга «РЖД». Описана структура взаимодействия подразделений с научным отраслевым комплексом холдинга «РЖД».